Одной из приоритетных задач архива является обеспечение сохранности документов РГИА. В соответствии с этой задачей все работы, проводимые по обеспечению сохранности, направлены на совершенствование организации хранения документов и фондов, на улучшение физического состояния дел, на создание страхового фонда и фонда пользования копий особо ценных документов, на предотвращение хищений документов из фондов РГИА.

Архивохранилища РГИА расположены в специально построенном корпусе комплекса зданий архива. Хранилища оснащены мобильными металлическими стеллажами и имеют несколько рубежей защиты. В помещениях архивохранилищ работает система климатконтроля. Лабораториями отдела обеспечения сохранности документов ведется мониторинг климатических условий хранения, микробиологического состояния воздушной среды, микробиологического и физико-химического состояния архивных документов, а также постоянный контроль за экологическим состоянием воздуха в хранилищах (наличие разрушающих основу документа и носитель текста вредных примесей). На планетарном сканере SupraScan проводятся работы по оцифровке уникальных документов, на приборе «Эксперт» выполняется цифровая и фотореставрация затухающих и малоконтрастных текстов и фотографий, а также проводится экспертиза подлинности архивных документов. Все исследования и работы проводятся на новейшем оборудовании, используются современные методики.

Лаборатория микрофильмирования и реставрации документов проводит работы по созданию страхового фонда и фонда пользования на особо ценные документы РГИА, включая следующие работы: съемка и копирование микрофильмов на рулонной пленке 35 мм, съемка микрофильмов на микрофишах, реставрация микрофильмов. Выполняется копирование документов цифровым способом. Целый комплекс работ проводится по улучшению физического состояния архивных документов и печатных изданий: дезинфекция парами формалина, полистная очистка дел биоцидом, реставрация стандартных и крупноформатных документов, нейтрализация и консервация документов на специальном оборудовании, изготовление контейнеров из полиэфирной пленки для хранения документов, переплет архивных документов и библиотечных изданий, брошюровочные работы различных видов, а также изготовление первичных средств хранения архивных документов и печатных изданий (папки, контейнеры, микротеки).